Pada masa sebelum reformasi transmigrasi menghadapi berbagai polemik serta pujian. Akan tetapi sampai saat ini gaung yang sering terdengar hanyalah permasahan yang sering timbul akibat transmigrasi tersebut. Transmigrasi sering menimbulkan deforestasi, jawanisasi, pelanggaran HAM, dan lain-lain yang berujung pada penolakan dari daerah tujuan. Padahal transmigrasi tersebut bertujuan untuk memeratakan persebaran penduduk yang selama ini timpang. Transmigrasi diperlukan bagi Negara Kepulauan yang memiliki berbagai karakteristik secara geogafis sebagai suatu tatanan pembangunan bangsa yang terorganisir di seluruh Negara Kesatuan Republik Indonesia. Melalui transmigrasi ribuan desa baru, ratusan kecamatan baru, dan 89 kabupten baru yang telah berkembang dengan berbagai dinamikanya masing-masing. Dampak dari kegiatan transmigrasi antara lain terbukanya berbagi peluang usaha, terbukanya jabatan birokrasi, terbukanya sarana pendidikan, kesehatan, jalan baru dan masih banyak manfaat langsung maupun tidak langsung yang akan mewarnai kehidupan bermasyarakat, berbangsa, dan bernegara.
Menyadari adanya kesalahan dan kelemahan dibalik sukses transmigrasi UU No. 15 tahun 1997 tentang ketransmigrasian telah di amandemen dengan UU No. 29 tahun 2009 yang mengubah arah dan sistem penyelenggaraannya sesuai dengan harapan masyarakat tujuan tanpa mengubah filosofi dasarnya. Ada empat pilar yang dijadikan tonggakan arah baru penyeenggaraan transmigrasi kedepan. Pertama, transmigrasi tidak dilaksanakan secara sentralistik, tetapi lebih memberikan kesempatan kepada pemerintah daerah sebagai pemrakarsa sekaligus pelaksana. Kedua, transmigrasi adalah program pembangunan yang dilaksanakan dengan pendekatan budaya dalam kerangka transformasi sosial budaya. Ketiga, semakin memperjelas mengenai gradasi intervensi pemerintah pusat dan pemerintah daerah melalui pelaksanaan jenis-jenis transmigrasi. Keempat, pembangunan transmigrasi harus dilaksanakan berbasis kawasan terintegrasi dengan penataan persebaran penduduk yang serasi dan seimbang untuk mewujudkan kawasan transmigrasi sebagai suatu kesatuan sistem pengembangan.
